Биологическая и экологическая безопасность являются крупнейшими международными проблемами современности, и потребность в молодых специалистах в этой области возрастает с каждым годом.

В 2006 году в Пущинском государственном естественно-научном институте на базе ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» был создан факультет биологической безопасности, на котором ведется подготовка высококвалифицированных специалистов (магистров) в области биологической и экологической безопасности, биотехнологии.

В учебном процессе и научно-исследовательской работе магистрантов используется современная материально-техническая база и интеллектуальный потенциал Государственного научного центра прикладной микробиологии и биотехнологии. В учебной и учебно-воспитательной работе по подготовке магистров принимают участие кандидаты и доктора наук различных специальностей: микробиологии, генетики, биотехнологии, медицины.

Магистранты, обучающиеся на факультете биологической безопасности, получают теоретические знания в областях микробиологии, генетики, биохимии, биологической и экологической безопасности, осваивают современные методы, которые используются в различных областях фундаментальных биологических исследований, а также углубляют знания в области информатики и иностранных языков.

Обучаясь на факультете биологической безопасности, магистранты участвуют в научных проектах таких фондов как РНФ, РФФИ и др., а также в отраслевых и федеральных целевых программах.

Результаты работы представляются в научных публикациях в российских и зарубежных журналах с высоким индексом цитируемости.

Во время учёбы предоставляется возможность участия в российских и международных конференциях.

Несмотря на то, что ежегодный выпуск магистров факультета не велик (от 2 до 6 человек), закончившие обучение на факультете магистры являются высококвалифицированными специалистами и приглашаются на работу в ведущие научно-исследовательские институты, научно-производственные фирмы, профильные фармацевтические компании и предприятия с наукоёмкими производствами.

По окончании магистратуры выпускники, как правило, уже имеют научные результаты, необходимые для продолжения обучения на следующей ступени высшего образования и пользуются преимущественным правом при поступлении в аспирантуру Центра.