С.Е.Будаева, Н.В.Бренёва, А.В.Ляпунов, С.В.Балахонов

ФКУЗ «Иркутский ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора, Иркутск, Российская Федерация

Резюме: Цель. Видовая идентификация возбудителя лептоспироза в материале от мелких млекопитающих без выделения культуры с применением методов фрагментного секвенирования.
Материалы и методы. В работе использован материал, собранный в 2023–2024 гг. в Иркутской области, Приморском крае, Ханты-Мансийском и Ямало-Ненецком автономных округах и Республике Бурятии. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) исследовано 555 проб почек мелких млекопитающих, в 63 (11,4 ± 1,81%) из которых была обнаружена ДНК патогенных лептоспир. Секвенированы 9 участков генов из трех основных международных протоколов мультилокусного сиквенс-типирования в 17 ПЦР-положительных пробах (27,0 ± 5,59%). Для определения вида лептоспир проведен анализ данных секвенирования методом выравнивания in silico в программе BioEdit 7.7.1 и сравнения с аллельными вариантами Leptospira spp. из базы данных PubMLST, а также c генными вариантами из GenBank с помощью сервиса BLAST. Проведен филогенетический анализ по фрагментам генов glmU, mreA и rrs2.
Результаты. При сравнении секвенированных нуклеотидных последовательностей с базой данных GenBank во всех исследуемых образцах ДНК определился вид L. borgpetersenii с процентным соотношением 95,86–100,00%. Филогенетический анализ по фрагментам генов glmU, mreA и rrs2 подтвердил видовую принадлежность лептоспир в исследуемых образцах.
Заключение. На территориях Иркутской области, Приморского края, Ямало-Ненецкого автономного округа и Республики Бурятия впервые с применением метода фрагментного секвенирования в материале от мелких млекопитающих без выделения культуры идентифицирован возбудитель лептоспироза L. borgpetersenii. Показана дифференцирующая способность генов glmU, mreA и rrs2.

Ключевые слова: лептоспиры, нативный материал, видовая идентификация, фрагментное секвенирование, филогенетика, MLST

Для цитирования: Будаева С.Е., Бренёва Н.В., Ляпунов А.В., Балахонов С.В. Использование фрагментного секвенирования для видовой идентификации патогенных лептоспир в нативном материале. Бактериология. 2026; 11(1): 79-84.

DOI: 10.20953/2500-1027-2026-1-79-84

Читать полностью PDF-файл