А.А.Ковалевич, Р.В.Писанов, А.С.Водопьянов

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: С началом пандемии COVID-19 возникла острая необходимость в генотипировании патогенов, которые могут сопутствовать вирусным инфекциям, таким как вирусная пневмония. Среди грамотрицательной микрофлоры доминирующим ассоциантом вирусной пневмонии явилась в т.ч. Pseudomonas aeruginosa. Изучение путей распространения данного патогена является важной задачей и невозможно без глубокого изучения структурной организации генома, мониторинга факторов персистенции среди новых клинических изолятов. Вопрос о выборе метода генотипирования остается открытым. Современные методы INDEL-, WG-SNP- и вирулотипирования широко распространены, но до сих пор не определено, какой из них следует применять для анализа и какой из них более валиден. С учетом этого цель работы состояла в сравнении результатов анализа INDEL-, вируло- и WG-SNP-типирования штаммов P. aeruginosa различного происхождения. В ходе исследования была продемонстрирована независимость методов вируло-, INDEL- и WG-SNP-типирования: каждую из рассмотренных методик следует использовать как самостоятельный метод для анализа WGS-данных – либо проводить вирулотипирование для выявления наиболее патогенных штаммов, либо, используя INDEL-типирование, выявлять близкородственные группы штаммов с последующим WG-SNP-типированием этих групп.

Ключевые слова: SNP-типирование, Indel-типирование, Pseudomonas aeruginosa, вирулом, танглеграмма

Для цитирования: Ковалевич А.А., Писанов Р.В., Водопьянов А.С. Сравнительный анализ методов генотипирования штаммов Pseudomonas aeruginosa. Бактериология. 2025; 10(2): 67-73.

DOI: 10.20953/2500-1027-2025-2-67-73

Читать полностью PDF-файл