А.А.Ковалевич, Р.В.Писанов, А.С.Водопьянов

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: Определение серотипа (типа О-антигена) – один из способов типирования патогенных и условно-патогенных микроорганизмов. Серотипирование клинических изолятов дает важную информацию при эпидемиологическом расследовании случаев заболевания, особенно при возникновении вспышек и(или) внутрибольничном инфицировании. Вместе с тем применение сывороток не позволяет проводить разделение некоторых серогрупп из-за иммунологического перекреста. Развитие полногеномного секвенирования открывает новые перспективы для установления серотипов, но уже с использованием молекулярно-генетических методов.
Целью исследования был анализ ЛПС-кластера у разных серотипов P. aeruginosa и разработка методики определения серотипа на основе данных полногеномного секвенирования.
В работе были использованы нуклеотидные последовательности эталонных О-антигенов P. aeruginosa, полученные из международной базы NCBI. По итогам анализа нуклеотидных последовательностей были найдены wzx гены для каждой серогруппы. Для валидации использовали 345 геномов из базы NCBI c подтвержденными данными о серогруппе агглютинирующими О-сыворотками. Найдены три новых wzx гена О-кластеров P. aeruginosa. По итогам проведенного исследования О-кластеров нами было выявлено 13 аллельных вариантов гена wzx среди известных 20 серотипов согласно международной системе антигенного типирования. Полученные данные позволили дополнить ранее созданную программу Pseudomonas Analyser возможностью проводить анализ серогруппы только по различию в нуклеотидном строении последовательностей гена wzx с использованием данных полногеномного секвенирования.

Ключевые слова: Pseudomonas aeruginosa, серогруппа, серотипирование, полногеномное секвенирование, синегнойная палочка, Pseudomonas Analyser

Для цитирования: Ковалевич А.А., Писанов Р.В., Водопьянов А.С. Определение серотипа Pseudomonas aeruginosa на основе данных полногеномного секвенирования. Бактериология. 2025; 10(1): 17-25.

DOI: 10.20953/2500-1027-2025-1-17-25

Читать полностью PDF-файл