Д.А.Ковалев, Н.А.Шапаков, С.В.Писаренко, О.В.Бобрышева, Д.Г.Пономаренко, А.А.Хачатурова, А.Н.Куличенко

ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

Резюме: Цель работы – исследование филогенетического положения штаммов Brucella abortus, выделенных на территории Российской Федерации, в структуре глобальной популяции вида.
Материалы и методы. Выполнено wgSNP-типирование 297 штаммов B. abortus основных генетических линий бруцелл из разных регионов мира, включая 68 штаммов, выделенных в Российской Федерации. Секвенирование ДНК проводили на платформе Ion GeneStudio S5 Plus (Life Technologies, США) при использовании набора для быстрой подготовки библиотек ДНК Ion Plus Fragment Library Kit (Life Technologies, США), по протоколу Ion 520™ & Ion 530™ Kit – Chef (Revision D.0).
Результаты. На основе данных полногеномного секвенирования определено, что штаммы B. abortus, выделенные на территории Российской Федерации, принадлежат к двум генетическим линиям глобальной популяции вида: С, широко распространенной в странах Европы и Восточной Азии (субгенотипы С1, С2 и C4), и D, к которой относятся большинство известных вакцинных штаммов B. abortus (субгенотип D4). В работе описаны наборы специфичных для каждого субгенотипа B. abortus SNP, которые могут служить основой для совершенствования методов внутривидовой дифференциации штаммов.

Ключевые слова: Brucella abortus, полногеномное секвенирование, wgSNP-типирование, филогения

Для цитирования: Ковалев Д.А., Н.А.Шапаков Н.А., Писаренко С.В., Бобрышева О.В., Пономаренко Д.Г., Хачатурова А.А., Куличенко А.Н. Филогеномный анализ штаммов Brucella abortus, выделенных на территории Российской Федерации. Бактериология. 2024; 9(4): 107-114.

DOI: 10.20953/2500-1027-2024-4-107-114

Читать полностью PDF-файл