А.А.Ковалевич, А.С.Водопьянов, С.О.Водопьянов, С.Ю.Темякова

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: В последние годы широкое практическое применение для внутривидовой характеристики микроорганизмов получили методы молекулярно-генетического анализа, обладающие большей дифференцирующей способностью по сравнению с фенотипическими методами типирования. Целью исследования являлся поиск INDEL-локусов и типирование с их помощью штаммов Pseudomonas аeruginosa. Нами были идентифицированы 10 INDEL-локусов, позволяющих проводить внутривидовое типирование P. аeruginosa. Генотипирование 268 штаммов, включенных в анализ, по 10 INDEL- локусам позволило выявить 54 уникальных генотипа. По итогам кластерного анализа все генотипы были сгруппированы в 5 кластеров. При этом гомология штаммов по сиквенс-типу или серотипу не влияла на дифференциацию штаммов по генотипам. Установлено, что разработанная схема может как выступать самостоятельным методом типирования, так и дополнять другие методы, такие как серотипирование и MLST-анализ. В последнем случае INDEL-типирование повышает дискриминирующую силу проводимого анализа. INDEL-типирование P. aeruginosa является полезным инструментом для изучения молекулярной эпидемиологии и генетики синегнойной инфекции, позволяющим выявлять особенности распространения возбудителя. Показано, что разработанная методика предоставляет возможность проводить внутривидовое генотипирование штаммов P. аeruginosa и дифференцировать различные клоны возбудителя, что может быть полезным для эпидемиологического расследования внутрибольничных очагов. Установлена циркуляция различных INDEL-генотипов штаммов P. aeruginosa на территории Российской Федерации.

Ключевые слова: INDEL, Pseudomonas aeruginosa, генотипирование, синегнойная палочка, INDEL-типирование

Для цитирования: Ковалевич А.А., Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Темякова С.Ю. INDEL-типирование штаммов Pseudomonas аeruginosa. Бактериология. 2024; 9(4): 75-81.

DOI: 10.20953/2500-1027-2024-4-75-81

Читать полностью PDF-файл