В.М.Сорокин, Н.В.Павлович, М.В.Цимбалистова, А.С.Водопьянов, Р.В.Писанов, А.К.Носков

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: Существование на территории Российской Федерации стабильных природных очагов бактериальных и вирусных инфекций определяет риск возникновения эпидемических осложнений и обосновывает одну из основных задач общественного здравоохранения – обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения. Туляремия является природно-очаговой инфекцией и отнесена к особо опасным заболеваниям человека. В силу географических и климатических условий Ростовская область является территорией, эндемичной по данной инфекции. Следует учитывать также существование трансграничных очагов туляремии. Цель нашего исследования заключалась в изучении биологических свойств и генетических характеристик штаммов возбудителя туляремии, изолированных из природных очагов Ростовской области и Донецкой Народной Республики в 2022–2023 гг. Во время эпизоотии 2022–2023 гг. выделено 16 культур возбудителя туляремии. Установлено, что все выделенные штаммы относятся к виду Francisella tularensis подвида holarctica биовара EryR. Применение методов INDEL-типирования позволило подтвердить, что все изолированные штаммы относятся к подвиду holarctica, и установить их принадлежность к основной генетической подгруппе В.12. Проведено полногеномное секвенирование 16 штаммов F. tularensis и показано, что они относятся к двум разным генотипам – В.170 и В.203, согласно схеме «канонических SNP». Расширенное генотипирование с использованием 6626 SNP подтвердило разделение штаммов 2022–2023 гг. на два кластера. Штаммы F. tularensis, выделенные в ДНР, оказались генетически близки штаммам, изолированным на территории трех районов Ростовской области, что позволяет подтвердить гипотезу о существовании трансграничного очага туляремии. Анализ результатов VNTR- генотипирования подтвердил разделение 16 штаммов 2022–2023 гг. на два разных VNTR-генотипа и позволил выявить более тонкие различия в генотипах штаммов в данной популяции туляремийного микроба. Простой и быстрый метод VNTR является методом выбора для проведения филогенетического анализа.

Ключевые слова: Francisella tularensis, полногеномное секвенирование, SNP, INDEL, VNTR, полимеразная цепная реакция, филогенетический анализ

Для цитирования: Сорокин В.М., Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Носков А.К. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Francisella tularensis, выделенных во время эпизоотии 2022–2023 гг. в Ростовской области и Донецкой Народной Республике. Бактериология. 2023; 8(3): 68-74.

DOI: 10.20953/2500-1027-2023-3-68-74

Читать полностью PDF-файл