В.М.Сорокин, А.С.Водопьянов, Р.В.Писанов

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: Впервые предложен метод INDEL-типирования штаммов Helicobacter pylori. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей 69 штаммов из локальной базы данных. Выявлено десять INDEL-маркеров, пять из которых, с наиболее высокой вариабельностью, послужили основой для создания схемы дифференциации. Проведено INDEL-типирование 21 штамма H. pylori различного географического происхождения и выявлено 15 индивидуальных генотипов с высоким индексом разнообразия (DI = 0,95). Для проведения кластерного анализа использован метод MST (минимальное остовное дерево), который продемонстрировал четкое распределение кластеров согласно географическому происхождению изученных штаммов. В дополнение к предлагаемому методу типирования при необходимости можно использовать метод MLVA-типирования.

Ключевые слова: Helicobacter pylori, ПЦР, INDEL, MST-дендрограмма, MLVA, географическое происхождение

Для цитирования: Сорокин В.М., Водопьянов А.С., Писанов Р.В. INDEL-типирование – новый метод дифференциации штаммов Helicobacter pylori. Бактериология. 2020; 5(1): 8-13.

DOI: 10.20953/2500-1027-2020-1-8-13

Читать полностью PDF-файл