Н.Н.Карцев, Ю.П.Скрябин, А.А.Кисличкина, А.Г.Богун, М.Е.Канашенко, Н.К.Фурсова, Э.А.Светоч

ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, Оболенск, Российская Федерация

Резюме: Гибридные (гетеропатогенные) штаммы диареегенных эшерихий, выделяемые от людей и животных, объединяют свойства разных патогрупп E. coli, что вызывает трудности в их диагностике и лечении. Такие штаммы представляют повышенную эпидемиологическую опасность, и их изучение является весьма актуальным. Онлайн-ресурс «Center for Genomic Epidemiology» (CGE) позволяет оценить патогенетическое и эпидемиологическое значение бактериальных патогенов, в том числе диареегенных эшерихий.
Анализ генома штамма E. coli 13573 О101:Н33 с помощью сервиса Virulence Finder 1.5 онлайн-ресурса «Center for Genomic Epidemiology» позволил установить в нем наличие генетических детерминант, ответственных за продукцию факторов патогенности, таких как глутаматдекарбоксилаза, система секреции третьего типа, сериновая протеаза, фактор повышенной устойчивости к бактерицидному действию сыворотки крови, аутотранспортер сериновой протеазы энтеробактерий (SPATE), интимин, энтерогемолизин, шига-токсин 2 типа, Non-LEE кодируемый эффектор В, а также термостабильный энтеротоксин est1а, что указывает на гибридную природу этого штамма (STEC/ETEC). У данного штамма определен сиквенс-тип – ST330.
Онлайн-ресурс CGE позволяет в короткие сроки определить факторы вирулентности и сиквенс-тип штамма, что может быть крайне важно при изучении вспышечных и спорадических случаев заболеваний эшерихиозами. Полученные данные свидетельствуют о большом генетическом разнообразии факторов патогенности у STEC-штаммов различных серотипов и позволяют глубже понять и объяснить связь генотипа патогена с его потенциальной опасностью для человека и его клинической значимостью для инфекционистов.

Ключевые слова: диареегенные E. coli, гибридные штаммы, идентификация, гены вирулентности

Для цитирования: Карцев Н.Н., Скрябин Ю.П., Кисличкина А.А., Богун А.Г., Канашенко М.Е., Фурсова Н.К., Светоч Э.А. Использование веб-ресурса «Center for Genomic Epidemiology» для изучения генома STEC штамма E. coli серотипа О101:Н33. Бактериология. 2019; 4(1): 44-49.

DOI: 10.20953/2500-1027-2019-1-44-49

Читать полностью PDF-файл