В.И.Соломенцев, А.А.Сизова, Ю.П.Скрябин, А.А.Кисличкина, В.Б.Фролов, Н.В.Майская, С.А.Иванов, С.В.Дентовская, А.П.Анисимов, А.Г.Богун

ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, Оболенск, Российская Федерация

Резюме: Одним из наиболее информативных методов изучения бактерий является полногеномное секвенирование. Мономолекулярное секвенирование является относительно новым и одним из наиболее перспективных способов исследования геномов микроорганизмов. Данная технология позволяет получать прочтения большой длины, что облегчает реконструкцию полных геномов и позволяет изучать любые их особенности. Принцип работы секвенатора MiniON производства Oxford Nanopore Technoligies основан на измерении силы тока, протекающего через нанопору при прохождении через нее молекулы ДНК. Данный секвенатор обладает компактными размерами, стоимость одного раунда секвенирования начинается от 500 долларов США, само оборудование поставляется бесплатно в составе стартового набора. За один раунд секвенирования возможен анализ до 12 бактериальных геномов. Оборудование позволяет проводить прямой анализ РНК без этапа обратной транскрипции. Все это создает большие перспективы для использования секвенатора MiniON в микробиологических лабораториях. В данной работе мы описываем опыт эксплуатации данного оборудования в отделе коллекционных культур ФБУН ГНЦ ПМБ, а также полученные нами результаты.

Ключевые слова: методы, нанопоровое секвенирование

Для цитирования: Соломенцев В.И., Сизова А.А., Скрябин Ю.П., Кисличкина А.А., Фролов В.Б., Майская Н.В., Иванов С.А., Дентовская С.В., Анисимов А.П., Богун А.Г. Опыт использования технологии мономолекулярного нанопорового секвенирования при изучении штаммов бактерий, депонированных в государственной коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск». Бактериология. 2018; 3(4): 60-68.

DOI: 10.20953/2500-1027-2018-4-60-68

Читать полностью PDF-файл