Е.И.Еременко, С.В.Писаренко, Л.Ю.Аксенова, А.Г.Рязанова, А.М.Жиров, О.В.Семенова, О.В.Бобрышева, Д.А.Ковалев, А.Н.Куличенко

ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора, Ставрополь, Российская Федерация

Резюме: Цель. Эволюционный и филогеографический анализ штаммов Bacillus anthracis, выделенных на территории России и некоторых сопредельных стран.
Материалы и методы. Полные геномные последовательности 20 секвенированных в Ставропольском противочумном институте штаммов и 161 штамма, полученных из GenBank. Множественное выравнивание геномов 181 штамма B. anthracis и поиск SNP в коровом геноме провели с помощью программы REALPHY 1.10. Для байесовского MCMC филогенетического анализа молекулярных последовательностей и модели General Time Reversible (GTR) использовали программный пакет BEAST. Оценку результатов анализа и статистической достоверности выполнили в программе Tracer v1.6. Визуализацию полученных результатов провели в программах Figtree v1.4 (филогенетическое дерево) и Photoshop CC.
Результаты. Подтверждено высокое молекулярное разнообразие штаммов, выделенных на территории России и ряда сопредельных стран. В филогенетической структуре глобальной популяции B. anthracis эти штаммы относятся к трансевразийской группе, субкладе Aust94 основной клады A и составляют кластер в основной кладе B. Хронология формирования главных филогенетических линий возбудителя сибирской язвы позволяет впервые постулировать предположение о происхождении и распространении B. anthracis с территории азиатской части России.
Заключение. Предполагается в дальнейшем определить региональные генетические маркеры, анализ которых в сопоставлении с соответствующей базой данных даст возможность в ходе эпидемиологического расследования установить происхождение штаммов, вызвавших вспышку сибирской язвы.

Ключевые слова: Bacillus anthracis, филогенетическая структура, филогеография, эволюция

Для цитирования: Еременко Е.И., Писаренко С.В., Аксенова Л.Ю., Рязанова А.Г., Жиров А.М., Семенова О.В., Бобрышева О.В., Ковалев Д.А., Куличенко А.Н. Филогенетика, эволюция и филогеография Bacillus anthracis. Бактериология. 2018; 3(2): 57-63.

DOI: 10.20953/2500-1027-2018-2-57-63

Читать полностью PDF-файл