Группа геномных исследований ФБУН ГНЦ ПМБ

Группа геномных исследований ФБУН ГНЦ ПМБ специализируется на изучении бактерий 1-4 групп патогенности, а также непатогенных микроорганизмов.

Подразделение ФБУН ГНЦ ПМБ, ответственное за осуществление деятельности ГКПМ-Оболенск:

  • Отдел коллекционных культур ФБУН ГНЦ ПМБ

Заведующий отделом коллекционных культур:

  • к.б.н. Богун Александр Геннадьевич
    Тел.: +7 (4967) 36-00-00

Руководитель группы геномный исследований:

  • Старший научный сотрудник Кисличкина Ангелина Александровна
    Тел.: +7 (4967) 31-21-56

*Для проведения работ необходимо подать заявку на бланке организации-заявителя. Для ускорения переписки рассматриваются факсимильные и электронные копии документов. Заявки необходимо отправлять на факс +7 (4967) 36-00-03 или электронный адрес info@obolensk.org. В заявке желательно указать контактные данные исполнителя.

Список и стоимость услуг, предоставляемых Группой геномных исследований ФБУН ГНЦ ПМБ (2019 г.)

Геномное секвенирование штаммов бактерий

от 30 000 рублей за геном

Предварительная идентификация микроорганизма, выделение ДНК микроорганизма, приготовление библиотеки, секвенирование, биоинформационный анализ. При необходимости может быть проведена лиофилизация культуры микроорганизма, или подготовка к другому варианту длительного хранения.

Секвенирование 16S рРНК (16S метагеномика)

от 30 000 рублей за образец

Выделение фракции ДНК из образца, амплификация гена 16S рРНК, подготовка библиотеки для секвенирования, секвенирование на платформе MiSeq, биоинформационный анализ.

Тотальное секвенирование ДНК образа сообщества микроорганизмов (Shot gun метагеномика, метагеномный анализ методом дробовика)

по договорённости

Выделение ДНК из образца, подготовка библиотеки для секвенирования, секвенирование на платформе MiSeq, биоинформационный анализ.

Мономолекулярное нанопоровое секвенирование штаммов бактерий

от 50 000 за геном

Предварительная идентификация микроорганизма, выделение ДНК микроорганизма, приготовление библиотеки, секвенирование на системе MinION, биоинформационный анализ. При необходимости может быть проведена лиофилизация культуры микроорганизма, или подготовка к другому варианту длительного хранения. Секвенирование на системе MinION во многих случаях позволяет реконструировать полные последовательности бактериальных хромосом и плазмид. Однако частота возникновения ошибок при проведении подобных исследований значительно ниже, чем при проведении геномного секвенирования на оборудовании Illumina.

Полногеномное секвенирование бактериальных штаммов с использованием технологии гибридного секвенирования

от 100 000 рублей за геном

Гибридное секвенирование основывается на сочетании мономолекулярного нанопорового секвенирования (MinION) и секвенирования путем синтеза на оборудовании Illumina. Работа включает секвенирование генома с использованием обеих платформ, а также биоинформационных анализ данных. В подавляющем большинстве случаев удаётся реконструировать полные (кольцевые) последовательности бактериальных хромосом и плазмид. При этом подходе значительно снижается количество неправильно определенных оснований.

Биоинформационный анализ данных

по договорённости

Сборка геномов, анализ принадлежности к филогенетической группе, поиск маркеров устойчивости к антимикробным препаратам, а также другая работа, в том числе размещение данных на серверах NCBI и подготовка публикаций в журналы.